Der aus Hall in Tirol stammende Tenor erhielt seine Ausbildung bei Brigitte Fassbaender. Erste Bühnenerfahrung konnte er bereits im Alter von 10 Jahren als Erster Knabe in Mozarts Zauberflöte unter Sir John Eliot Gardiner sammeln. 2007 wurde er erst 23-jährig mit der Eberhard-Wächter-Medaille der Wiener Staatsoper ausgezeichnet. 

Zuerst war Martin Mitterrutzner Mitglied des Ensembles am Tiroler Landestheater, bevor er in der Spielzeit 2011/2012 in das Ensemble der Oper Frankfurt wechselte, wo er u.a. als Andres in Wozzeck, als Giannetto in La gazza ladra, als, Iopas in Les Troyens, als Belmonte in Die Entführung aus dem Serail und als Fenton in Falstaffin einer Neuproduktion von Keith Warner zu erleben war sowie 2014 sein Rollendebüt als Don Ottavio in einer Neuinszenierung des Don Giovanni von Christof Loy gab. Vor kurzem war er außerdem in Frankfurt als Camille de Rosillon in einer Neuproduktion von Claus Guth in der Lustigen Witwe sowie als Grimoaldo in Händels Rodelinda, ebenfalls in einer Regie von Claus Guth, zu erleben.

Die Spielzeit 2019/20 bringt für Martin Mitterrutzner eine Neuproduktion von Salomeam Theater an der Wien, wo er als Narraboth zu hören sein wird. Darüber hinaus kehrt er mit Gerold Huber für einen Liederabend zur Schubertiade Hohenems und an die Wigmore Hall in London zurück, konzertiert in München, Kaiserslautern, Dresden und Linz und gibt sein Debüt beim Glyndebourne Festival. Außerdem wird er als Rosillon in der Lustigen Witwe, ebenfalls in Wien, zu erleben sein. 

Bisher führten ihn Gastengagements u.a. bereits zum Festival Aix-en-Provence, als Taminoan das Opernhaus in Zürich, an die Semperoper Dresden und das Festspielhaus Baden-Baden, als Pane (La Calisto) an die Bayerische Staatsoper und zu den Salzburger Festspielen, wo er 2012 als Brighella in Strauss’ Ariadne auf Naxos unter Daniel Harding debütierte und wohin er im Sommer 2013 als Ferrando in Sven Eric Bechtolfs Neuproduktion von Così fan tutte zurückkehrte. 2016 gab er sein Debüt am Theater an der Wien.

Als Konzertsolist verfügt Martin Mitterrutzner über ein breit gefächertes Repertoire von Bach und Händel bis hin zu Werken von Benjamin Britten und Sven David Sandström und trat bereits mit dem Münchner Rundfunkorchester unter Jun Märkl, bei der Internationalen Bachakademie mit Helmuth Rilling, bei den Bamberger Symphonikern unter Jakub Hrůša, dem Chor und Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks sowie dem Hessischen Staatsorchester unter Marc Piollet, dem Montreal Symphony Orchestra unter Kent Nagano, dem Concentus Musicus sowie dem Cleveland Orchestra unter Franz Welser-Möst auf. 

Als Liedsänger arbeitet er seit 2014 regelmäßig mit dem Pianisten Gerold Huber, mit dem er bisher mit Liederabenden an der Frankfurter Oper, in der Kölner Philharmonie, der Wigmore Hall, beim Heidelberger Frühling oder bei der Schubertiade Schwarzenberg zu hören war.

Überdies zeugen mehrere CD Einspielungen und DVD Produktionen von Martin Mitterrutzners regem künstlerischen Schaffen. 2015 erschien beispielweise bei Decca die preisgekrönte Neueinspielung von Vincis Oper Catone in Utica unter der Leitung von Riccardo Minasi.

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